El arboretum del jardín botánico de Lyon, que se une a las colecciones al aire libre, encierra en promedio 600 árboles de los cuales 350 especies, de las cuales 350 son particularmente especiales.
Es el caso del Pinus bungeana, espectacular y raro ( este ejemplar proviene probablemente del primer lote de semillas enviado de China en Occidente via Jardín Botánico de Kew en Londres hacia 1860), del Cupressus dupreziana ( 1000 ejemplares en el mundo), o del Metasquoia glyptostroboides descubierto en china en 1941.
Quercus petraea (Matt.) Liebl.
La coleccion de árboles de hojas caducas no es menos interesante, citemos el bello Ginkgo biloba, los Tulipiers, el Copalme de América, las numerosas especies de robles, arces, así como de magnolios de suntuosa floración de primavera.
Esto no hay que confundirlo con la elegancia de las magnolias de hojas persistentes, (Magnolia grandiflora) que forman un bello corredor entre el invernadero de plantas carnívoras y el invernadero acuario.
Para permitir un mejor contacto, todos los árboles del Jardín Botánico son atequetados, contrariamente a los árboles del parque de la Tête d’Or.