L'arboretum du Jardin Botanique de Lyon, qui est rattaché aux collections de plein air, renferme environ 600 arbres dont 350 espèces parmi lesquelles certaines sont particulièrement remarquables.
C'est le cas du Pinus bungeana, spectaculaire et rare (cet exemplaire provient probablement du premier lot de graines envoyées de Chine en Occident via le Jardin Botanique de Kew à Londres vers 1860), du Cupressus dupreziana (1 000 exemplaires dans le monde) ou du Metasequoia glyptostroboides découvert en Chine en 1941 !
D'autres conifères méritent le détour : L'Araucaria araucana (désespoir des singes), Taxodium distichum, de très beaux cèdres, des mélèzes, ainsi que différents pins (pin parasol, d'Alep, de Corse...).
Quercus petraea (Matt.) Liebl.
La collection d'arbres à feuilles caduques n'en est pas moins intéressante : citons de très beaux Ginkgo biloba, les tulipiers, le Copalme d'Amérique, les nombreuses espèces de chênes, d'érables, ainsi que des magnolias à somptueuse floraison printanière...
A ne pas confondre avec la majesté des magnolias à feuilles persistantes (Magnolia grandiflora) qui forment une magnifique allée entre la serre des plantes carnivores et la serre aquarium.
Pour permettre une bonne approche, tous les arbres du Jardin Botanique sont étiquetés, contrairement aux arbres du Parc de la Tête d'Or.