Créé en 1891, le Jardin Mexicain était autrefois appelé "Jardin d'ornement de plantes de désert". Il était situé devant les grandes serres, à la place de la statue du botaniste Jussieu. Ce n'est qu'en 1900 qu'il prend sa place définitive devant les petites serres froides. Il s'étale sur environ 1000 m² et est divisé en 16 massifs.
Au centre se trouvent 3 massifs comprenant la collection d'agaves présentés en pots et en caisses. Leur âge varie entre 5 et 30 ans. Ils sont rentrés sous serre en hiver. Les agaves rustiques sont plantés dans 3 autres massifs composés également d'opuntias et de yuccas rustiques. Ils sont présentés toute l'année au public.
D’autres massifs, plus paysagers sont composés d'Agave filifera et d’Agave angustifolia ou encore de plantes utilitaires exotiques comme le manioc, la cacahuète, le bananier, l'alocasia, l'avocatier, le goyavier et le grenadier.
Opuntia haematocarpa A. Berger
D’autres massifs sont composés de plantes ornementales exotiques comme le bougainvillée, le lantana, le mirabilis, le laurier rose, le Thunbergia, la réglisse, et le Lagerstroemia ainsi que de variété horticoles d'Hibiscus et de Brugmansia.
Deux autres massifs contiennent quelques espèces de nolines présentées en caisses, N. stricta, N. recurvata, N. longifolia, ainsi que Encephalartos, Yucca, Cycas, erythryne, Dasylirion. Les derniers massifs à être mis en place dès la fin des gelées sont les massifs d'euphorbes et d'aloes car plus sensibles au froid. Au milieu d'un massif d'arbustes exotiques pousse un exemplaire rarissime de Cupressus dupreziana,